1939年，抗日战争开始了近一年多，中国的大中城市相继沧陷，南昌被日军占领。南城涌进大量难民，一个不满1.4万人口的建昌镇，骤然涌进五万多人。人口突增，办学压力加大。这时省教育厅下令各县增办一所县立中学，以解决难童就学问题，于是南城有了第二所中学，名曰："南城县立初级中学"。学校由县长樊光俊积极筹办具体负责为名誉校长，校长为黄钟（厦门大学毕业生），教务主任刘绍裘。学校招两个初一班，共9 2人。该年县中招生时，南城乡村师范也扩大招生规模，招两个初一班，扩招初二、初三插班生。
为避免日机袭击南城，县立初级中学校址设城郊山石嵊村山神庙、邱家大祠堂内。学校设备十分简陋，师生全部在校膳宿。活动场所是农民的晒场，每天早上朝会，学生集合后必须唱校歌，歌词是"南城自昔号名帮，文物著盱江。男儿志气贵磅礴，力学励行要自强，朝看双飞瀑，暮立凤凰岗。山川孕毓多奇士，卓然不朽姓字香。愿我同学齐奋发，勉为民族争荣光。"晚上除星期六外，学生必须晚自修，值日教师负责检查。晚上就寝熄灯铃响后，必须睡觉。以便养精蓄锐，第二天有充沛精力学习。
山石嵊是个小村落，不适合办中等学校。1939年冬经县政府批准，学校迁到离南城十五公里处的渭水桥黄家大屋。黄家大院总面积约7000多平方米，大厦共有108间。大门前后，场地空旷。学校四周有围墙，与村民不通往来，适宜办学。1940年3月学校搬迁结束，学校开学，校长继续由县长樊光俊兼任，校务主任由鄢克昌兼。。1941年县立初级中学增设简师班，录取学生增多，且因渭水桥靠浙赣公路，为日军进袭必经地段，为避日寇袭击，校部迁往青山坡、骆家坪。后来，学校还曾迁往硝石、黄源等地。1942年下半年学校实行班主任负责制，具体负责学生的学习、纪律，学校教学质量有了明显提高。
1940年3月13日，日军战机27架突飞狂轰乱炸南城建昌镇，益王府大成殿及周围几十株大树，就是这次被炸毁的，当日被炸死的达三千多人。日军滥炸激起县中广大师生的极大义愤，轰炸一结束，乡师、县中师生就不顾安危冲进火海抢救伤员。为反抗日本侵略者，县中师生特意组织过抗战募捐专场篮球赛，门票一块大洋一张，那场球赛曾募集到一千多块银圆，既宣传了抗日救国，又为抗日救国筹集了资金。
1944年学校奉指示增办简师，当年经考试招生45名，师范生全部安置在骆家坪并在校膳宿，学校聘章巍然任简师部主任。
1945年抗日胜利了，南城县立初级中学由青山坡迁至考棚内（现盱江小学、县物资局内）。县立初级中学旺盛时期，有十个班（初中六个班、简师四个班）学生400多人。至1949年县中与乡师合并时，有教师余仰高、张志兴、廖经文、严肃行、汪仁端、危华甫、吴梧荪、花强才、张为铭、胡定元、胡定魁、万寿梅、饶孝杰、饶孝旭、吴潼真、危之妥、梅珩、章挺然、章巍等。